种蛋在入孵后4天～5天的胚胎死亡率一般为2%左右，若远超过这个比例，则应查明原因。导致孵化早期胚胎死亡的主要因素有：
1．种蛋贮存时间过长：如果种蛋贮存时间超过2周，很多胚胎就会在入孵后1天～2天内死亡。即使不死，胚胎发育也较迟缓，出壳时间拖长。
2．种蛋受冻：如果种蛋在贮存或运输过程中温度过低，在第一天蛋黄膜会裂开，胚胎死亡率很高。
3．缺少维生素：如果种鸡口粮中缺少维生素D及维生素B2，则蛋壳薄而脆，蛋白稀薄，早期胚胎死亡率较高。
4．孵化温度过高：孵化温度高也会导致早期胚胎死亡率高。