一、虾苗养殖
在放养虾苗前，每亩用1公斤的光合细菌均匀洒入泥沙中，泼洒于虾池黑泥较多的凹处、死角的池底；此后每天以浓度为5%的光合细菌均匀喷洒于配合饵料上，每日投喂2次～3次。结果证明，试验池氨氮含量比对照池平均每升降低0.4毫克，池水溶解氧含量每升增加1.2毫克，产量提高38.5%，经济效益十分显著。
二、成蟹养殖
在养殖成蟹过程中，尤其在7月～8月，每隔20天全池泼洒浓度为1次5ppm的光合细菌，可有效地降低水体中氨氮的含量，改善水质，并可明显改善成蟹的体色，使成蟹的色质接近自然成蟹，并且还能加快蟹的生长，缩短养殖周期。
三、观赏鱼养殖
在公园、水族馆内养殖的观赏鱼应用光合细菌，同样可以起到提高孵化率及促进生长的作用。方法是在观赏鱼的孵化和养殖过程中定期向水中加入浓度为3ppm～5ppm的光合细菌，也可在日常投喂的饵料中添加5%左右的光合细菌。
四、鱼蟹混养
在鱼蟹混养的池塘中，尤其在7月～8月全池泼洒1次浓度为4ppm的光合细菌，还可在每天投喂的配合饵料中添加浓度为5%的光合细菌，经过3个月的饲养，每公顷产鱼普遍为8500公斤～10000公斤，河蟹为225公斤以上，仅河蟹每公顷增加净收入一般超过7500元。
五、鱼卵孵化
在鱼类受精卵（如草鱼、青鱼、鲢鱼、鲫鱼、金鱼等）的孵化过程中，定期向孵化水体中添加浓度为10ppm～20ppm的光合细菌，鱼类受精卵的孵化率可提高10%～20%。
六、鱼苗培育
在鱼苗至夏花的培育过程中，在放养前一天全池泼洒1次5ppm的光合细菌，可加快鱼苗生长速度，提高成活率。
七、夏花培育
在夏花之育种的培育过程中，在7月和8月全池各泼洒1次浓度为4ppm的光合细菌，并在每天投喂的精饲料中添加6%的光合细菌，经过3个月的饲养即可育成平均体长12厘米的大规格鱼种，每亩增产鱼种13公斤，提高成活率20%以上，并可明显节约生产成本。
八、对虾养殖
在高密度养殖南美白对虾过程中，全池泼洒3次～4次浓度为5ppm的光合细菌，可以明显地改善水质。经试验，池内溶氧量增加，并且可以减少增氧机的开机时间，减少换水量，未发现对虾浮头现象，提高对虾产量39%，在南美白对虾养殖中产生较高产量和较好效益。
综上所述，目前在水产养殖中应用的光合细菌均为红色假单胞菌属的混合菌株，其细菌浓度为每毫升20亿个～50亿个，主要作用和使用方法为：（1）用于改善养殖水质。采用全池泼洒法，用量为5ppm～10ppm,定期或不定期使用。（2）用于饵料添加剂。一般将光合细菌均匀拌入所投喂的精饲料中连续投喂，用量为饲料量的5%左右。（3）能消除池底污染。一般每亩用1公斤～1.5公斤的光合细菌均匀拌入泥沙中，重点洒入池底污泥较多处。以上3种方法结合使用，效果更佳。
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